Dipendenti dal Ministero per gli Affari Interni, le Regie Prefetture furono istituite con regio decreto 9 ottobre 1861, n. 250 in base al quale i Governatori a capo delle province assumono il titolo di Prefetti.
La prefettura vigila su tutti gli uffici periferici dello Stato, è preposta al controllo dell’amministrazione di comuni e province e delle opere pie. Non è sottoponibile a procedimento per gli atti svolti nell’esercizio delle sue funzioni salvo che nei confronti della superiore autorità amministrativa.
Il Regolamento esecutivo approvato con R.D. 8 giugno 1865 n. 2321 fissa l’organizzazione interna con 4 divisioni: I – segreteria; II – amministrazione dei “corpi morali” cioè province, comuni ed opere pie; III – pubblica sicurezza, servizio militare di leva, sanità pubblica; IV – amministrazione governativa, contabilità, contribuzioni e questioni non attribuite ad altre divisioni.
Nel 1911 il regolamento comunale e provinciale 12 novembre n. 1 modificò l’organizzazione interna delle Prefetture con un assetto che verrà mantenuto anche dalle Prefetture della Repubblica. Grazie a questo provvedimento gli uffici vennero divisi in un Gabinetto, quattro divisioni, una direzione di ragioneria ed alcuni uffici con attribuzioni relative a questioni specifiche.
